No mundo sempre crescente de Duel Monsters, à medida que os duelistas melhoram suas habilidades e sobem na hierarquia, os duelos se tornam cada vez mais complexos. Ao aderir a regras estritas, além de usar e aprender estratégias comprovadas, pode-se tornar um duelista forte. No entanto, como um garoto que adora invenções e descobre novas possibilidades, o estudante do ensino fundamental Yuuga Oudou acha a maneira atual de duelar previsível e rígida – em outras palavras, chata.
Assim, ele pretende criar um novo caminho no duelo com sua nova e emocionante invenção: Rush Duels. Sua ambição logo chama a atenção de Tatsuhisa Kamijou, um colega do ensino fundamental, que o leva a um lugar misterioso na tentativa de descobrir o potencial do novo sistema.
Enquanto Yuuga pretende implementar o Rush Duels como o novo padrão de duelo e derrubar as convenções do jogo, ele abre a porta para seu objetivo final – tornar o duelo emocionante novamente.